In de haven van Maizuru wordt een verdacht schip ontdekt, boordevol bommen. Op dezelfde locatie kijken Conan en zijn vrienden ernaar uit om aan boord van een AEGIS-oorlogsschip te gaan voor een dag vol openbare manoeuvres. Het dagelijkse leven op de torpedobootjager is echter nogal saai - totdat er plotseling een vreemd geluid hoorbaar is en een onbekend object op de radar verschijnt. Conan merkt dat dit niet in het plan zit, omdat sommige gasten en bemanningsleden zich ook verdacht gedragen. Wanneer een afgehakte arm in het filter van het pompsysteem wordt gevonden, gaat Conan met de hulp van Heiji Hattori op onderzoek uit. Sterker nog, al snel verschijnt het bijpassende lijk zonder arm. Maar de tijd voor opheldering raakt op: Japan stevent nu al met volle kracht af op een nationale crisis...